Latem 1939 r. wrócił na wakacje do Polski, a po klęsce wrześniowej związał się z podziemiem i rozpoczął służbę kurierską. Po zakończeniu wojny kontynuował w latach 1945-1948 działalność kurierską na rzecz rządu RP na emigracji . W roku 1948 został po długotrwałym śledztwie skazany na dożywocie. Zwolniony z więzienia po ośmiu latach – w październiku 1956. Od 1958 r. był pracownikiem Instytutu Historii Uniwersytetu Jagiellońskiego. Doktoryzował się w 1962 r. pod kierunkiem profesora Henryka Wereszyckiego, a habilitację otrzymał w 1968
Wacław Felczak, systematycznie przyjeżdżając od II połowy lat siedemdziesiątych XX w. na Węgry odegrał istotną rolę w formowaniu się demokratycznej opozycji węgierskiej, która doprowadziła do upadku ustroju komunistycznego na Węgrzech w roku 1989
Władze komunistyczne w Polsce w 1975 r. zablokowały wniosek Uniwersytetu Jagiellońskiego o nadanie Wacławowi Felczakowi stanowiska profesora zwyczajnego. Dopiero po osiemnastu latach, w niepodległej już Rzeczypospolitej, w dniu 5 października 1993 został mianowany profesorem. Był wówczas śmiertelnie chory – w szpitalu, wkrótce po otrzymaniu nominacji zmarł